Οι πλέον εμφανείς διαταραχές στο ΣΠΩ είναι ενδοκρινολογικής και μεταβολικής φύσεως:

1. Απουσία εμμηνορυσίας (αμηνόρροια) ή μη συχνή εμμηνορυσία (ολιγομηνόρροια)
Η έμμηνος ρήση εμφανίζεται συνήθως με συχνότητα 5-6 εβδομάδες, σε μερικές περιπτώσεις μόνο μία ή δύο φορές το χρόνο ή καθόλου.

2. Στειρότητα
Η πλήρης ή σποραδική απουσία εμμηνορυσίας συσχετίζεται στο 70-80% των περιπτώσεων με απουσία ωορρηξίας.

3. Υπερβολικό βάρος/παχυσαρκία
Παχυσαρκία παρατηρείται στο 30% με 75% των γυναικών με ΣΠΩ. Παρατηρείται αύξηση του σπλαγχνικού λίπους, δηλ. περιφέρεια μεγαλύτερη από 88 εκατοστά. Η αντίσταση στην ινσουλίνη εμποδίζει τα κύτταρα να χρησιμοποιήσουν τα σάκχαρα που περιέχονται στο αίμα, τα οποία αποθηκεύονται έτσι με τη μορφή λίπους.

4. Ακμή και σμηγματόρροια
Η σμηγματόρροια συνδέεται με το γεγονός ότι οι σμηγματογόνοι αδένες υπερδιεγείρονται λόγω των ανδρογόνων και παράγουν υπερβολική ποσότητα σμήγματος. Η ακμή, αντιθέτως, προκαλείται από το φράξιμο των πόρων του δέρματος, με φλεγμονή και σχηματισμό πύου εντός του πόρου.
Ο υπερανδρογονισμός επιφέρει τροποποιήσεις στη σύνθεση του σμήγματος, με συμφόρηση εντός του πόρου (φαγέσωρες).

5. Αλωπεκία
Αραίωση των τριχών της κεφαλής με ατροφία των θυλάκων των τριχών

6. Αρτηριακή υπέρταση, ελαττώματα ινωδόλυσης
Αυτές οι αλλαγές προκαλούν αυξημένο καρδιαγγειακό κίνδυνο, αλλά καθώς οι μεταβολικές αλλαγές σε νεαρά άτομα δεν είναι έντονες και καθίστανται εμφανείς μόνο μετά την εμμηνόπαυση, πολλές φορές υποεκτιμώνται. Η πιο συνηθισμένη αλλαγή παρατηρείται στο προφίλ λιπιδίων, με αύξηση των τριγλυκεριδίων και μείωση της χοληστερόλης HDL.